Rund siebzig Pflanzenarten gibt es in Ägypten, die als endemisch zu bezeichnen sind. Damit werden Pflanzen betitelt, die es nur in einem stark abgegrenzten Lebensraum gibt und die nirgendwo sonst auf der Welt oder in einem anderen Lebensraum vorkommen. Die Flora des Landes setzt sich übrigens vor allem aus kultivierten Pflanzen zusammen, da die Wachstumsbedingungen nicht unbedingt gut sind. Lange Trockenperioden und eine intensive landwirtschaftliche Nutzung des Landes sind der Grund dafür. In Ägypten sind das Niltal, das Nildelta und einige Oasen als besonders fruchtbar zu bezeichnen. Am weitesten ist in Ägypten die Dattelpalme verbreitet, es gibt aber auch Maulbeerbäume, Akazien und Tamarisken. Eingeführte Baumarten sind unter anderem die Ulme, die Mimose, die Zypresse und einige Obstbäume. Zur Pflanzenwelt des Landes zählen aber auch Blumen, wie etwa Jasmin oder Lotos, das Halfagras in den Trockengebieten, die Weinreben oder die Papyrusstaude, die allerdings nur noch im Süden des Landes auftritt.

In Ägypten gibt es nur wenige einheimische Wildtierarten, was ebenfalls auf das trockene Klima zurückzuführen ist. Hier leben unter anderem Gazellen, Echsen, Skorpione und Springmäuse. Entlang des Roten Meeres und hier insbesondere in den Bergen im Deltagebiet des Nils sind Hyänen, Schakale, Wildesel, Wildschweine und Wüstenfüchse zu finden. Unter den Säugetieren gibt es in Ägypten mindestens sieben Arten, die als endemisch zu bezeichnen sind. Im Altertum waren Nilpferde und Krokodile in Ägypten noch sehr zahlreich zu finden, heute gibt es diese Tiere nur noch am Oberen Nil. Nur dort finden sie immer noch einen geeigneten Lebensraum, der ihren Ansprüchen gerecht wird. Vor allem im Niltal und im Nildelta gibt es eine große Artenvielfalt bei den Vögeln. Nektarvögel, Reiher, Löffler, Pelikane, Flamingos, Wiedehopfe und Limikolen sind hier zu finden, um nur einige Beispiele zu nennen. Auch einige Greifvögel sind hier beheimatet, darunter die Bart- und Schmutzgeier, die Adler oder der Wüstenfalke. Im Nil und in den verschiedenen Seen des Deltagebietes des Nils gibt es über einhundert verschiedene Fischarten.

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